1. augusztus 2012-i hatállyal Blue Air online check-in szolgáltatás legkésőbb az indulás előtt 14 nappal és az indulás előtt 4 órával elérhető.
Az online bejelentkezési folyamat végén ki kell nyomtatnia a beszállókártyáját, amelyet a repülőtéren bemutat a beszálláshoz.
Ha ez idő alatt nem jelentkezik be online, akkor a beszállókártyáját csak a repülőtéren veheti át 10 euró/utas díj ellenében.
Az online check-in szolgáltatás a Bukarestből, Bákóból, Nagyszebenből, Rómából, Lárnakából, Nizzából, Malagából, Barcelonából, Párizsból, Brüsszelből, Milánóból, Szatmárnémetiből és Valenciából induló járatokra érhető el. Más járatokra a bejelentkezés a repülőtéren indulás előtt történik, és ingyenes.
További biztonsági követelmények miatt az online check-in szolgáltatás nem érhető el az Egyesült Királyságba induló/ onnan induló járatokra.